Этот вопрос возникает у каждого, кто сталкивается в файлами *.flac и *.cue. Так этот вопрос возник и у меня, но поиск конкретного ничего не выдавал — одни расплывчатые ответы. Предлагается куча различных программ, многие мною были опробованы, но ни одна мне не подходила, т.к. требовала установки, а многие вообще не могли сделать то, что требовалось, а именно сразу записать диск из имеющихся файлов. Единственный вариант, который у меня вышел — это преобразование файла *.flac в *.wav, а уже потом запись полученного файла *.wav в сочетании с имеющимся файлом *.cue на диск с помощью Nero.
Блуждая по просторам Интернета я наткнулся на один плагин для Total Commander. Называется он «audioconverter» — название говорит за себя, объяснять, думаю, не стоит. В описании этого плагина говорится следующее:

Аудиоконвертер (далее АК) предназначен для конвертирования между различными звуковыми форматами (с сохранением тэгов),
захвата музыки с CD, а также некоторых промежуточных преобразований в процессе конвертирования (например нормализация,
ресэмплинг).
Как частный случай АК может быть использован для преобразования битрейта звуковых файлов (например для прослушивания
на мобильных устройствах).

АК работает с рядом популярных dll и консольных кодеров, таких как lame.exe, oggenc2.exe и прочими.

Входные форматы: WAV, MP3, OGG, WMA, APE, AAC (MP4/M4A/M4B), MusePack, AC3, WavPack, AMR, AIFF,
CD диски (обычные и смешанные, т.е. с трэками данных), M3U

Выходные форматы: WAV, MP3, OGG (используется aoTuV), WMA, ASF, APE, AAC (faac.exe и NeroAAC),
MusePack, WavPack, AMR, FLAC, MIDI

Этот плагин в моем Total Commander не заработал — пока не дошли руки до выяснения причин. Но в плагин входит исполняемый файл «audioconverter.exe», запустив который передо мной открылась следующая программа:

Сразу бросается в глаза меню выбора языка интерфейса, наличие русского языка весомый аргумент:

Нажимаем на кнопку «+Файлы…» и выбираем файл *.flac, который будем конвертировать в *.wav:

Переходим на вкладку общие настройки. Здесь я поменял только «Настройки конвертации»место сохранения выходного файла установил «В директорию исходных файлов»:

Во вкладке «Настройка Кодеров/Декодеров» выбираем выходной формат «wav (bass.dll)» и нажимаем кнопку «Ок».

Конвертация проходит достаточно быстро, у меня 1 аудио диск перекодировался меньше чем за минуту. Естественно все зависит от конфигурации компьютера.

После перекодирования появляется *.wav файл, но пока пробовать записать все на болванку рано. Сначала нужно поправить файл *.cue. Открываем его и обращаем внимание на подсвеченную строчку:

REM GENRE Rock
REM DATE 2009
REM DISCID 00119313
REM COMMENT «ExactAudioCopy v0.99pb5»
PERFORMER «Исполнитель»
TITLE ««Название альбоа»»
FILE «название_файла.flac» wav
TRACK 01 AUDIO
TITLE «Песня1»
PERFORMER «Исполнитель»
INDEX 01 00:00:00
TRACK 02 AUDIO
TITLE «Песня2»
PERFORMER «Исполнитель»
INDEX 01 04:32:37
…………..

В этой строчке указывается точное название файла с расширением *.wav. Название файла не должно включать в себе пробелы и кириллицу. В соответствии с этим при необходимости переименовываем и файл *.cue.

Вот теперь можно записывать диск —  в программе Nero записываем как любой образ, только файл образа выбираем *.cue.

PS Плагин скачать можно тут и тут